Kees van Eersel ontving zijn eerste orgellessen begin jaren 1950 van Gijs de Graaf, toenmalig organistvan de Grote kerk te Vlaardingen. Van 1960 tot 1971 studeerde hij (met enkele onderbrekingen) orgel aan het Rotterdams Conservatorium. Bij Piet van den Kerkhoff behaalde hij in 1965 de Onderwijsakte B, bij George Stam in 1967 het einddiploma solospel met aantekening voor improvisatie en in 1971 bij André Verwoerd de Prijs van Uitnemendheid. Tijdens deze periode studeerde hij tevens koordirectie bij George Stam met bijvakken zang (bij Cees Touwen) en viool (bij mevr. De Monchy-Kuiper), compositie bij Otto Ketting, tevens hoofdvak piano bij Bart Berman. Het eerste semester van 1969 studeerde hij aan de Schola Cantorum te Parijs bij Jean Langlais en behaalde daar de Prix de Virtuosité met de onderscheiding 'Maximum'. Na zijn benoeming als cantor-organist van de Grote of Maria Magdalenakerk te Goes studeerde hij gedurende het cursusjaar 1975/1976 kerkmuziek aan het Utrechts Conservatorium (koordirectie bij Klaas Venneker, liturgiek en hymnologie bij Maarten Kooij, kerkelijk orgelspel bij Jan Welmers en zang bij Rom Kalma) en behaalde hij de praktijkdiploma's Kerkelijk Koorleider en Kerkelijk Orgelspel. Daarnaast studeerde hij beiaard aan de Nederlandse Beiaardschool te Amersfoort bij Leen 't Hart en Peter Bakker. In 1977 behaalde hij het Praktijkdiploma Beiaardspel en in 1978 het Einddiploma Beiaardspel, beide met aantekening voor improvisatie.